Que faire de cet argent ? Trouver les meilleurs généticiens et financer leurs recherches. C'est là que Bernard Barataud rencontre le bras droit de Dausset, le cofondateur du CEPH, le Pr Daniel Cohen, un passionné. Il trépigne devant les lenteurs de la recherche. Il a fallu six ans pour identifier le gène de la myopathie de Duchenne. Combien en faudra-t-il pour venir à bout de ceux qui sont responsables des 3 000 maladies génétiques ? Daniel Cohen n'en peut plus d'attendre. Il ne veut pas lire les chromosomes les uns après les autres, comme le font les Américains, mais établir une carte physique globale du génome. À l'époque, un autre scientifique de renom travaillait au CEPH: Jean Weissenbach, de l'institut Pasteur. Il souhaitait établir une carte génétique des chromosomes complémentaire de celle de Cohen. Pour repérer le long du génome des "marqueurs" (fragments d'ADN) liés à l'apparition de certaines maladies. Lui aussi cherchait un financement.
En mai 1990, les deux hommes se présentent devant le conseil d'administration de l'AFM. Feu vert pour les robots de Cohen et le labo de Weissenbach. L' "usine" à décrypter le génome est lancée. L'AFM la financera entièrement. Elle ouvre ses portes à Evry, sur 3 600 mètres carrés, en décembre 1990, et sera baptisée Généthon, en hommage au Téléthon, qui l'a financée. Coût initial: plus de 200 millions de francs. Quelques mois à peine après son ouverture, un troisième chercheur, Charles Auffray, du CNRS, s'installe à Evry pour développer le programme Genexpress, qui identifie les morceaux "utiles" d'ADN, ceux qui constituent effectivement les gènes. Une banque d'ADN représentant près de 100 maladies génétiques, complète l'ensemble.
En quelques mois, les machines du Généthon réussissent à reconstituer la plus grande partie du génome. La nouvelle est annoncée le 17 septembre 1992. A la fin de l'année, 90% du génome aura ainsi été cartographié. Le 30 octobre 1992, seconde annonce: Jean Weissenbach et son équipe ont placé 800 marqueurs sur le génome; il y en aura 2 000 d'ici à la fin de décembre. Deux pas de géant. Ils vont permettre d'économiser cinq ans de travail et de diviser par dix le coût des recherches. Désormais, il suffira de quelques semaines pour localiser un gène défectueux. Il fallait au minimum cinq ans auparavant. À la veille du 7e Téléthon, Bernard Barataud esquisse un sourire. Oui, il y a bien une lumière au bout du tunnel. Un peu grâce à lui, elle s'est franchement rapprochée.